5 सितंबर से 3 अक्टूबर 1999 के बीच हुए 1999 के आम चुनावों में 20 दलों के गठबंधन अटल बिहारी वाजपेयी के नेतृत्व वाले राष्ट्रीय जनतांत्रिक गठबंधन (एनडीए) ने जीत हासिल की। एनडीए को मिली ये जीत भारतीय सेना की अपने पाकिस्तानी समकक्षों पर निर्णायक जीत के बाद के कुछ महीने बाद हासिल हुई थी। 17 अप्रैल, 1999 को लोकसभा में अविश्वास प्रस्ताव के दौरान एक वोट से प्रखर वक्ता के गठबंधन के नेतृत्व वाली सरकार गिर गई थी। जबकि कांग्रेस 1999 के चुनावों से पहले गठबंधन या संभावित गठबंधन बनाने से कतराती रही, भाजपा ने 339 सीटों पर चुनाव लड़ा और अपने 20 गठबंधन सहयोगियों को अन्य सीटें दे दीं।
13 अक्टूबर, 1999 को जब 75 वर्षीय वाजपेयी ने तीसरी बार प्रधानमंत्री के रूप में शपथ ली, तब तक भाजपा नेताओं की अगली पीढ़ी सुर्खियों में आ गई थी। फिर, जुलाई 2002 के राष्ट्रपति चुनावों के दौरान भाजपा ने “मिसाइल मैन” एपीजे अब्दुल कलाम के रूप में एक तुरुप का पत्ता निकाला। उनकी उम्मीदवारी से भाजपा को और अधिक ताकतें संगठित करने में मदद मिली। इससे पहले, सोनिया के विदेशी मूल पर उंगली उठाने के लिए दो अन्य लोगों के साथ 20 मई, 1999 को कांग्रेस से निष्कासित कर दिए गए, शरद पवार ने 10 जून, 1999 को अपनी पार्टी, राष्ट्रवादी कांग्रेस पार्टी (एनसीपी) की स्थापना की।
जबकि सोनिया की भूमिका 1998 के चुनावों के दौरान कांग्रेस ज्यादातर पार्टी के लिए प्रचार तक ही सीमित थी। 1999 के चुनावों में उनके नेतृत्व में कांग्रेस ने 543 में से 453 सीटों पर चुनाव लड़ा। हालाँकि पार्टी की सीटें अब तक के सबसे निचले स्तर पर आ गईं, लेकिन सोनिया ने कांग्रेस में अपनी स्थिति मजबूत की और 2004 के चुनावों में भाजपा को कड़ी टक्कर दी।
मतदान एवं गिनती
कारगिल युद्ध के कारण देरी हुई। पाकिस्तान से युद्ध 26 जुलाई 1999 को समाप्त हुआ। अंततः 5 सितंबर से 3 अक्टूबर तक चुनाव हुए। आजादी के बाद पहली बार, आठ चरण के कार्यक्रम की घोषणा की गई। इनमें से तीन चरणों में कुल मिलाकर केवल चार सीटें थीं।। 6 अक्टूबर 1999 को वोटों की गिनती शुरू हुई और अगले कुछ दिनों में नतीजे घोषित कर दिये गये। 61.95 करोड़ मतदाताओं में से 37.16 करोड़ या 59.99% योग्य वयस्कों ने मतदान किया। इनमें 29.57 करोड़ महिलाएं थीं. 4,648 उम्मीदवारों में से 32 सर्वाधिक उत्तर प्रदेश के गोंडा से मैदान में थे। 12 दिसंबर 1990 से 11 दिसंबर 1996 तक मुख्य चुनाव आयुक्त रहे, जिन्हें भारत में चुनाव कराने के तरीके को साफ-सुथरा बनाने का श्रेय दिया जाता है, उन्हें गुजरात के गांधीनगर से भाजपा के लालकृष्ण आडवाणी के खिलाफ कांग्रेस के टिकट पर मैदान में उतारा गया था। पूर्व प्रधान मंत्री, चंद्र शेखर, बलिया से जीते क्योंकि समाजवादी पार्टी (एसपी) ने उनके खिलाफ कोई उम्मीदवार नहीं उतारा था, वाजपेयी अपनी लखनऊ सीट बरकरार रखने में कामयाब रहे और मुरली मनोहर जोशी इलाहाबाद से जीते।
युद्ध के बाद की चमक तेजी से फीकी पड़ गई जब भाजपा को कई शर्मनाक घटनाओं का सामना करना पड़ा। 2001 में अंडरकवर पत्रकारों ने एक स्टिंग ऑपरेशन करने का फैसला किया. इसका अंत तब हुआ जब अनुसूचित जाति (एससी) से भाजपा के पहले प्रमुख बंगारू लक्ष्मण फर्जी रक्षा सौदे में मदद के बदले पार्टी मुख्यालय में अपने कक्ष में कथित तौर पर 1 लाख रुपये की रिश्वत लेते हुए कैमरे में कैद हो गए। हंगामा तब समाप्त हुआ जब उन्होंने अपना इस्तीफा दे दिया और उनकी जगह जेना कृष्णमूर्ति को नियुक्त किया गया।